Die Arbeit der Forschungsgruppen wurde durch Themengruppen mit Querschnittscharakter ergänzt. Die Querschnittsformate befassten sich mit übergreifenden Fragen der Ethik und politischen Gestaltung des Verhältnisses von Technik und Gesellschaft.
Die Querschnittsformate verfolgten zwei Hauptziele. Erstens führten sie Forschungsergebnisse zusammen und bereiteten diese für übergreifende ethische und politische Fragestellungen auf. Das Ziel war es, Expertisen für die großen Gestaltungsfragen im Hinblick auf das Verhältnis von Gesellschaft und digitaler Technologie bereitzustellen.
Zweitens wurden innovative und risikoreiche Ideen und Anstöße für die Fortentwicklungen der Forschungsagenda des Weizenbaum-Instituts erarbeitet. Die Querschnittsformate waren dabei ein lebendiges Instrument. Entsprechend wurden ihre Fragestellungen (und auch die Anzahl) der Entwicklung des Weizenbaum-Instituts angepasst.